複数数量で受注した場合に、部分請求は可能でしょうか？

可能です。
受注明細レコードをコピーし、コピー元の明細およびコピーした明細のそれぞれの数量を
手補正することで対応が可能です。その後、分割した明細を請求に取り込んでください。
※発注側についても、同様に部分発注が可能です。