請求書PDFを電子メールの添付ファイルとして受け取った場合、電子メール本文を保存する必要がありますか？

請求書PDFファイルのみを保存すれば良く、電子メール本文を保存する必要はありません。

参照：
国税庁　電子帳簿保存法一問一答 【電子取引関係】 （令和３年７月）の問３
https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/pdf/0021006-031_06.pdf