格納先が複数に分かれることは差し支えないとあります。
なお、電子データを検索して表示する場合には、整然とした形式及び明瞭な状態で、速やかに出力することができる必要があります。（参照：問23）
また、 保存されている電子データは、原則として一課税期間を通じて検索をすることができる必要がありますので、 課税期間の途中で保存先が切り替わるものは原則NGとなります（例外あり）。（参照：問17）
参照： 国税庁 電子帳簿保存法一問一答 【電子取引関係】 （令和３年７月）の問23、問17
https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/pdf/0021006-031_03.pdf